Budova biskupství byla původně farou a její základ tvoří dům ze 14. století. Ten si zřejmě postavili příslušníci Řádu německých rytířů, kterým byla plzeňská fara svěřená. Pro ně město v roce 1322 vykoupilo měšťanský dům. Řád zde sídlil až do roku 1564, kdy se stal arciděkanem poslední plzeňský farář, který z tohoto řádu pocházel.
Budova prošla dvěma zásadními přestavbami: po požáru v roce 1507 a podruhé v roce 1710, kdy tehdejší arciděkanství přestavěl barokní architekt Jakub Auguston. Ten byl původním povoláním štukatér, a vyzdobil proto štukováním sály v 1. patře.
Hlavní sál je vyzdoben štukovou výzdobou a olejovými malbami zachycujícími scénu Krista v Emauzích a postavy evangelistů. V sousedních místnostech najdeme obraz P. Marie a sv. Bartoloěje. K vidění jsou také portréty císaře Karla VI. a papeže Inocence. Malby provedl malíř Julius Lux z Plzně.
Stavba byla postavená velmi bytelně, díky tomu se zachovala až dodnes.
Po zřízení plzeňského biskupství v roce 1993 došlo také na důkladnou rekonstrukci a částečnou dostavbu. Práce na objektu skončily až v roce 1996.
